Der Name Lignano für das Gebiet der heutigen Stadt (das 1420 an die Republik Venedig fiel) ist aus dem 15. Jahrhundert belegt und deutet möglicherweise auf einen Besitzer namens Linunus hin. Die venetianischen Dogen belehnten im Laufe der Geschichte verschiedene Adelsfamilien mit dem Landstück. Eine davon, die Familie Vendramin in Latisana ließ im 16. Jahrhundert die St. Zacharias-Kirche im damaligen Weiler Pineda (im heutigen Stadtteil Pineta) erbauen. Sie diente vor allem den Fischern, denn Pineda selbst war für eine Kirche zu klein (es bestand 1466 nur aus zwei Häusern). Für den Hafen von Lignano gab es später eine Kontrollstation, die im Jahre 1813 70 Einwohner hatte.

Dennoch ist das heutige Lignano eine sehr junge Stadt. Vor ihrer Entwicklung bestand die Halbinsel aus Sumpf- und Baumland und war nur von wenigen Bauernfamilien ganzjährig bewohnt. Dazu kamen die saisonalen Aufenthalte der Fischer von Marino, die vorübergehend in mit Schilf verkleideten Holzhütten (casoni) wohnten.

Der älteste Teil ist Sabbiadoro (zu deutsch: goldener Sand), das bereits Ende des 19. Jahrhunderts von Marano aus mit dem Boot als Badestrand genützt wurde. 1903–1904 wurde eine Badeanstalt aus Holz errichtet und vor allem von Sonntags-Ausflüglern benutzt.